École du Service de Santé des Armées de Lyon
Après la fermeture de l'École de Strasbourg, la nouvelle École fut construite à Lyon, qui offrait de nombreux avantages comme l'importance de son système hospitalier et la construction de l'école par la municipalité. La première promotion de Santards arriva à l'École le 10 mars 1889 ; dès octobre 1889, les élèves furent logés à l'hôpital militaire de Desgenettes.
Construite sur l'avenue des Ponts (devenue en 1907 avenue Berthelot), proche de la faculté de médecine alors située quai du Rhône, l'École était composée de plusieurs bâtiments. La façade, sur l'avenue des Ponts, contenait le bâtiment principal dit de l'administration, ainsi que les logements du directeur, sous-directeur, major et trésorier de l'École. L'entrée principale s'ouvrait sur un large vestibule, conduisant à une cour carré plantée d'arbres et encadrée de trois autres bâtiments, baptisés Percy (au fond), Larrey (à l'est) et Desgenettes (à l'ouest). Une annexe située en arrière de Percy, reliée par un pont fermé (rapidement baptisé pont des soupirs) au-dessus de la rue Méditerranée comprenait infirmerie, gymnase, douches... Les bâtiments furent terminés pour la rentrée de 1894 seulement.
École du Service de Santé Militaire de Lyon
Les fréquentes inondations des cuisines situées en sous-sol amenèrent les Santards à se nourrir en ces occasions à la Brasserie Georges. De même, l'École ne permettait d'accueillir que 260 élèves ; les élèves les plus anciens furent invités à se trouver un logement en ville, d'autres furent hébergés à l'hôpital Villemanzy.
En 1914, l'École devint hôpital complémentaire. Les Santards firent leur devoir : lorsque les portes se rouvrirent aux élèves en octobre 1919, quarante-cinq d'entre eux étaient tombés au champ d'honneur. Quatre-vingt-neuf étaient décorés de la Légion d'Honneur, quatre-vingt-douze de la médaille militaire, plus de quatre cents cités une ou plusieurs fois.
La rentrée de 1919 fut aussi la réouverture du recrutement des pharmaciens. Peu après, en 1925, fut créé une section coloniale, qui perdurera jusqu'en 1956. En 1928, l'École se vit remettre un drapeau, ainsi que la croix de guerre qui lui avait été décerné en 1926.
En 1935, l'École reçut place Bellecour la croix de chevalier de la Légion d'Honneur, décernée en 1933 pour le comportement des élèves au front mais aussi en Algérie et au Maroc. La durée des études continuait de se rallonger : de 5 ans depuis 1911, elle passa en 1934 à 6 ans.
Enfin, c'est à cette époque que fut créé le premier insigne de l’École.
C'est également durant l'entre-deux guerre que fut créée la section « d’élèves coloniaux » (en 1925) ; Chaque promotion en compta vingt à trente jusqu'en 1956. Plusieurs des grands noms de la médecine coloniale, devenue la médecine d'outre-mer, sont issus de l'École de Berthelot.
Insignes de l’École du Service de Santé Militaire, qui devint en 1940 l'École du Service de Santé
En 1939, les élèves de l'École sont envoyés au front, avec le grade de médecin auxiliaire. Cependant, quelques mois plus tard, ils furent invités à renoncer à leurs galons pour pouvoir rester à l'École... En 1940, le mot "Militaire" est supprimé de l'appellation de l'École. Les élèves furent mis en tenue civile, sans insigne ni attribut ; ils partagèrent l'École avec deux promotions de Polytechniciens repliés à Lyon.
En 1942, la Wehrmacht occupe la zone libre. L'année suivante, la Gestapo s'installe à l'École. Elle y torturera dans les sous-sols de nombreux prisonniers ; Jean Moulin fera partie des victimes.
Les élèves furent dispersés : ils rejoignent les chantiers de jeunesse, relèvent les médecins prisonniers, ou entrent dans la résistance. En 1944, un bombardement allié détruit la façade de l'École.
Pendant la durée de la guerre, que ce soit pendant la campagne de 1940, celle d'Alsace et d'Allemagne, dans la Résistance ou à la libération, quatorze élèves furent tués au combat, souvent dans l'accomplissement héroïque de leur devoir, comme le médecin auxiliaire Hébrard, tombé à la Rochelle, qui était parti volontaire au front, et avait répondu à qui s'en étonnait : "à l'École, nous avons des traditions".
Insigne de l'École du Service de Santé de Lyon
L'École rouvre ses portes en 1945. Elle reçut en 1946 la Croix de Guerre 1939-1945 avec palme. En 1947, l'insigne actuel de l'École fut créé.
Ce fut à partir de cette année que les promotions furent baptisées du nom d'un ancien de l'École (auparavant, deux promotions seulement avaient été baptisée : "Croix du drapeau" en 1936, et Médecin Capitaine Jean Vial en 1942).
En 1946 fut créé une section d'élèves vétérinaires, ainsi qu'une section d'élèves officiers d'administration qui restera à l'École jusqu'en 1985.
En 1952, les premières filles intégrèrent l'École. Leur recrutement sera pourtant interrompu en 1957, et ne reprendra qu'en 1973. Notons que les élèves étrangers étaient accueillis à l'École depuis 1894.
En 1956, l'École reçoit la Croix de Guerre des T.O.E. avec palme.
La reconstruction des bâtiments détruits ne se termina qu'en 1962, la façade étant remplacé par deux immeubles réunis par un péristyle.
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